Une permanence médicale d'une demi-journée par centre, sur une base hebdomadaire a été mise en place. Chaque centre dispose d’une infirmerie/centre de consultation aménagé.

Pour les cas d’hospitalisation, Graines adhère à l’organisme “Collectif Santé 2002”, collectif prenant en charge la majeure partie des coûts d’hospitalisation des enfants des associations membres.
Pour les soins dentaires, un partenariat est mis en place avec la dentiste de l’Inspection Sanitaire Scolaire.